首先确保安装了最新版的 cmake 以及 gcc 等环境

以ubuntu系统为例：

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sudo apt install gcc
sudo apt install cmake

从官网获得目标版本的源码包并解压(这里以2019.4为例)

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wget http://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-2019.4.tar.gz
tar xf gromacs-2019.4.tar.gz

进入解压后的目录，并创建 build 文件夹并进行 cmake (需联网)

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cd gromacs-2019.4
mkdir build
cd build
cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON

这里的 cmake 后面的参数是官方文档的默认参数，另有如下常用参数可选(非全部):

  • 添加对 MPI 的支持:
    -DGMX_MPI=on

  • 添加对 NVIDIA CUDA GPU 支持:
    -DGMX_GPU=on

  • 添加对OPENCL的支持(GMX_GPU必须开启):
    -DGMX_USE_OPENCL=on

  • 指定SIMD:
    -DGMX_SIMD=xxx

编译与安装

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make -j 4
sudo make install
source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC